Lara se ha desplazado hasta Cozumel, en Méjico, para buscar pistas sobre un objeto místico que está buscando La Trinidad, una antigua y secreta organización que quiere dominar el mundo..
Desde allí, Lara se desplazará junto a Jonah en busca de la ciudad perdida de Paititi, para emprender una carrera contrarreloj contra el apocalipsis maya que está a punto de desatarse.
En esta ocasión, Lara volverá a enfrentarse a La Trinidad, pero también descubrirá nuevas revelaciones sobre la muerte de su padre, Richard Croft. Con esta nueva aventura que finaliza la historia de los orígenes de la protagonista, Lara logrará convertirse en una auténtica Tomb Raider.