Lara Croft está en el desierto de Egipto, en un antiguo templo de del dios Set que acaba de ser descubierto. Set, el dios del caos, gobernó Egipto tras asesinar a su hermano Osiris y esclavizar al resto de dioses. Pero cuando Egipto no fue suficiente, desapareció en la tierra de los muertos para levantar un ejército que pudiera conquistar el mundo, aunque nunca regresó.
Lara pensaba que podría ser la primera en descubrir este templo perdido, pero su gran competidor en el mundo de la arqueología, Carter Bell ha llegado llegó al templo al mismo tiempo que Lara. Ambos desean encontrar el Bastón de Osiris, un mítico artefacto con misteriosos poderes.
Pero el hallazgo de este artefacto no es como Lara y Carter esperan, ya que descubren que el templo realmente era una prisión para los dioses Horus e Isis, los últimos de los antiguos dioses que no cayeron en el poder de Set.
Ahora Lara Croft y Carter Bell tienen que unirse a estas deidades para evitar que Set vuelva a la vida, para ello tendrán que convocar al dios Osiris para que se enfrente a Set antes de que sea demasiado tarde.
